DNA užad (24. ožujka 2016. godine)

Evo ga - nakon previše vremena, konačno sam spakirao, barem dio istraživanja koje se bavi oblicima DNA "užadi" (ropes) kondenzirane unutar "virusa" (zapravo cilindara različitih omjera visina i dijametara baze, ali dobro ... kod nas fizičara krave mogu biti i sferične, kao što je opće poznato). Članak je odaslan "in the wild", na recenziju pa ćemo vidjeti ... 17. ožujka na poziv Bojana Žagrovića održao sam predavanje u bečkom Biocentru koje sadrži i značajan dio rezultata iz upravo spakiranog članka. To predavanje, zajedno s montiranim slajdovima i nekoliko fotografija Biocentra možete pogledati i poslušati u prozoru iznad (streaming s YouTube-a).

Oblik 2

Što se tiče znanstvene vizualizacije, izazov je bio prezentirati oblike kondenzirane DNA molekule, zapravo debelu užad čija je središnja krivulja (centroid) zatvorena. Odlučio sam se za linijski pristup, odn. crtež (iznad i ispod). Ovakav pristup ima niz prednosti, najprije činjenicu da se može vektorizirati, a ponekad je čak i čitljiviji nego puni 3D prikaz sa sjenama i promjenama nijansi ovisno o položaju dijelova površine objekta.

Oblik 4

Članak se bavi isključivo teorijom te objašnjava moguće oblike DNA unutar virusa iz pojednostavljenog fizikalnog modela. Ipak, iznimno je zanimljivo da su neki od oblika koje sam našao u svojim proračunima odavno bili predloženi u literaturi. Npr. oblik koji je iz svojih eksperimentalnih rezultata predložio Nick Hud (ispod) ...

Hud's shape

... ja sam našao kao optimalni oblik u svom teorijskom pristupu (ispod).

Oblik 1

To nije jedina "koincidencija". Ovisno o parametrima sustava te o izduženosti cilindra u kojem se nalazi "DNA uže", dobio sam još neke ranije predložene oblike. Npr. 1978. godine Earnshaw i suradnici su skicirali oblik (ispod) DNA molekule u T4 bakteriofagu ...

Earnshaw's shape

... koji je iznimno sličan onome kojeg ja nalazim u svojim proračunima (ispod).

Oblik 3

Neki od oblika koje sam želio prezentirati bili su toliko kompleksni da se njihova "trodimenzionalna narav" vidjela tek uz dodatne "intervencije", npr. virtualno "izrezivanje" dijelova oblika (ispod).

Oblik 5

Ako i kad se članak pojavi, objavit ću update na ovoj stranici.

NADOPUNA: (02.07.2016.) Članak je naposlijetku objavljen u časopisu Scientific Reports. >> Evo i linka na njega. A evo i linka na >> članak u PDF formatu.

<< Zumbul Moj Sancho Panza >>

Zadnji put osvježeno 24. ožujka 2016. godine